一、税务档案的完整性核查<

1. 档案缺失：在进行公司转让后税务合规性检查时，首先面临的一个难点是税务档案的完整性。由于历史原因或管理不善，部分公司的税务档案可能存在缺失或损坏的情况，这给检查工作带来了很大的困难。

2. 数据核对：即使档案完整，也需要对数据进行核对，以确保信息的准确性和一致性。这个过程耗时费力，且容易出现人为错误。

3. 税务合规性判断：在核对完档案后，还需要判断公司是否遵守了相关的税务法规，这需要对税务法规有深入的了解和丰富的实践经验。

二、税务申报的准确性审查

1. 申报数据错误：税务申报是公司税务合规性的重要体现，但往往存在申报数据错误的情况。这可能是由于工作人员的疏忽，也可能是由于系统故障等原因。

2. 申报调整：在检查过程中，可能会发现公司存在申报调整的情况。如何判断调整的合理性和合规性，是检查工作的一个难点。

3. 申报与实际不符：有些公司可能存在申报与实际不符的情况，这需要通过深入调查和分析来确定原因。

三、税务缴纳的及时性核实

1. 缴纳记录缺失：部分公司在税务缴纳方面可能存在记录缺失的情况，这给核实缴纳及时性带来了困难。

2. 缴纳方式多样：随着税收政策的不断变化，公司缴纳税收的方式也日益多样化。如何准确核实各种缴纳方式的合规性，是检查工作的一个难点。

3. 缴纳金额与申报不符：在核实缴纳及时性的过程中，可能会发现缴纳金额与申报不符的情况，这需要进一步调查和分析。

四、税务优惠政策的运用合理性评估

1. 优惠政策种类繁多：我国税收优惠政策种类繁多，如何准确评估公司运用优惠政策的合理性，是检查工作的一个难点。

2. 优惠政策适用条件复杂：优惠政策往往有严格的适用条件，如何判断公司是否符合条件，是检查工作的一个难点。

3. 优惠政策变更频繁：随着税收政策的调整，优惠政策也会相应变更。如何及时了解和掌握优惠政策的变化，是检查工作的一个难点。

五、税务风险防范与控制

1. 风险识别：在检查过程中，需要识别公司可能存在的税务风险，这需要对税务法规和公司业务有深入的了解。

2. 风险评估：对识别出的税务风险进行评估，判断其严重程度和可能带来的影响。

3. 风险控制：针对评估出的税务风险，制定相应的控制措施，以降低风险发生的可能性和影响。

六、税务合规性检查的跨部门协作

1. 信息共享：税务合规性检查需要跨部门协作，实现信息共享，这是检查工作的一个难点。

2. 协作效率：跨部门协作往往存在沟通不畅、效率低下的问题，这会影响检查工作的进度和质量。

3. 责任划分：在跨部门协作中，需要明确各部门的责任，避免出现责任不清、推诿扯皮的情况。

七、税务合规性检查的持续性与动态调整

1. 持续性：税务合规性检查是一个持续的过程，需要定期进行，以确保公司始终遵守税务法规。

2. 动态调整：随着税收政策的调整和公司业务的变化，税务合规性检查也需要进行动态调整，以适应新的情况。

上海加喜财税公司（公司转让平台：http://www.12du.cn）认为，公司转让后税务合规性检查的难点主要体现在档案完整性、申报准确性、缴纳及时性、优惠政策运用、税务风险防范、跨部门协作以及持续性和动态调整等方面。针对这些难点，上海加喜财税公司建议，企业应加强税务管理，提高税务档案的完整性，确保税务申报的准确性，关注税务缴纳的及时性，合理运用税务优惠政策，加强税务风险防范与控制，提高跨部门协作效率，并保持税务合规性检查的持续性和动态调整。企业可以借助专业的财税服务平台，如上海加喜财税公司，以获得更专业的税务合规性检查服务，确保公司税务合规，降低税务风险。