一、收购价格的税费

在上海工程公司收购过程中，首先需要考虑的是收购价格所涉及的税费。根据中国税法规定，收购交易中的收购价格往往会受到所得税的影响。具体而言，如果收购公司作为独立法人进行收购，根据《企业所得税法》规定，收购价款需要计入收购公司的纳税基础，相应地，税务部门会根据收购公司的企业所得税税率征收所得税。<

此外，还需要考虑到增值税的影响。根据《中华人民共和国增值税法》规定，收购过程中涉及的货物销售和劳务服务往往都会受到增值税的征收，而收购价格中的货物和服务也可能会受到增值税的影响。

二、资产评估和印花税

在收购过程中，资产评估是不可或缺的一环。根据《中华人民共和国企业所得税法》规定，对于收购中的资产交易，如果资产的转让价格高于评估值，差额部分可能会被视为企业收入而被征收企业所得税。因此，在收购前进行资产评估以确定合理的收购价格显得尤为重要。

此外，还需考虑印花税的影响。根据《中华人民共和国印花税法》规定，对于股权转让、资产转让等一系列交易，可能会涉及印花税的征收，具体金额取决于交易金额的大小和性质。

三、土地增值税和契税

如果收购公司涉及到土地使用权的转让或者房屋的买卖，那么就需要考虑土地增值税和契税。根据《中华人民共和国土地增值税法》规定，对于土地使用权的转让所产生的土地增值收益，可能会被征收土地增值税，税率一般为30%。

此外，根据《中华人民共和国契税法》规定，房屋买卖所产生的交易款项也可能会受到契税的影响，契税税率根据房屋的性质和交易金额而定。

四、交易结构和跨境税务规划

在设计收购交易结构时，需要考虑跨境税务规划。如果收购涉及跨境公司或资产的交易，涉及的税务问题可能更加复杂。在此情况下，需要综合考虑不同国家或地区的税务法规，合理安排收购结构，以最小化税务成本。

此外，还需考虑是否存在相关税收协定，以避免双重征税。中国与许多国家都签订了双重征税协定，可以根据协定规定获得税收优惠。

五、其他可能的税费

除了上述主要税费外，还可能涉及其他税费，如城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等。这些税费的征收标准和税率也需要根据具体情况进行分析和计算。

总之，上海工程公司进行收购交易时，需要综合考虑各种税费，并根据具体情况制定合理的税务策略，以降低税务风险并最大程度地节约税费支出。

综上所述，上海工程公司进行收购交易时需要考虑的税费包括收购价格的税费、资产评估和印花税、土地增值税和契税、交易结构和跨境税务规划以及其他可能的税费。合理规划税务策略，降低税务成本，是确保收购交易顺利进行的重要步骤。