两者的关系用一句话来总结：公司是商标的载体。要注册商标，那必须有个载体(或者简单的说是所有者、持有人)，公司就是载体;有了公司(载体)就能去注册商标。
注册商标需要有一定的资格，执照转让，即有公司或个体户的营业执照，其中个体户是可以用负责人的个人名义去申请，公司申请的则商标权是属于公司的。
所以必然是先有公司后有商标，当然。你借朋友的公司名义先申请商标，然后自己有条件了再转到自己的名下也可以，但是想完全合法的拥有商标权还是要先有自己的营业实体。
下面是关于注册公司和注册商标的具体介绍：
1.注册公司是你做生意的身份。常见的有个体户和有限责任公司。个体户是一种公司，执照转让，个人承担无限责任，一般个体户适合一些风险不大的行业。有限责任公司是另外一种，转让公司，由法律承认该公司是一个“人”，因此叫法人。在法律层面和一个自然人一样，而公司拥有者叫法人代表，因此如果出现事故或者经营不善，只要公司亏损到0资产就可以宣布破产，而作为法人代表，你不用把自己的私人财产抵账。因此从事加工，贸易等高风险行业都是有限责任公司。有限责任公司极大的降低了商人从商的风险，转让公司，因此出现之后大大促进了商业进步。根据其他性质再细分还有股份公司，合资，独资，外资等类型。
2.注册商标就是放在你的产品上，大家一看就知道，比如耐克的对勾。类似于产权保护，你要保证其他鞋厂不能放置跟我一样的对勾在他们的鞋上。所以需要注册。我国规定商标只能由公司/个体户所有，自然人是不可以注册的。
总结一下就是，公司是你对外做生意的身份，也是保护你的一层机制，上海执照转让，商标是公司拥有的资产。
