增值税专用发票认证的三种方式各具特色：
上门认证是最具“历史”的认证方式，认证结果可以实时确认，但需要纳税人往返税务大厅，办税成本较高，同时随着经济发展，纳税人需要认证的发票越来越多，办税服务厅排队等候的时间也不断增长。
远程认证是纳税人自行扫描、上传专用发票票面信息，上海公司转让，税务机关远程反馈认证结果信息的认证方式，但该认证方式需要纳税人自行购买扫描仪等设备，上海公司转让，对小微企业来说增加了一定负担。
勾选认证是纳税人登录特定网址，以查询和逐票勾选（支持同时勾选多份发票）的操作方式，选择次月征收期内用于申报抵扣的增值税进项发票清单信息的方式，实现“取消认证”功能，上海执照转让，对纳税人来说简单便捷且不需要增加额外成本。
同时，需要关注的是，上门认证和远程认证的认证期是以自然月为划分的，公司转让网，比如说，纳税人A在4月份取得一张增值税发票，他要抵扣的话，采用上述认证方式就必须在4月1日至30日期间完成认证。而勾选认证目前的认证期是4月份征收期结束到5月份纳税人实际申报前两天，最晚为申报期结束前两天。特别需要注意的是，在实际申报到申报期结束的这段时间，执照转让，纳税人不能进行勾选确认操作。
